Café y genómica

Recientemente en la revista Science se publicó un manuscrito de un grupo de investigadores de diferentes países en el que se reporta la secuenciación de un borrador de alta calidad del genoma de una especie de café, Coffea canephora.

Los investigadores utilizaron diferentes plataformas para la secuenciación: Roche 454, secuenciación Sanger y también Illumina y lograron secuenciar 80% de los 710 Mb del genoma de la planta.

El análisis comparativo de los genes anotados (se utilizaron secuencias inferidas de proteínas procedentes de café, vid, tomate y Arabidopsis para esta comparación) resultó en el descubrimiento de que la mayor parte de los términos de ontología génica que están enriquecidos en las secuencias del café pertenecen a dos grupos funcionales: respuesta defensiva y procesos metabólicos. En este último grupo de secuencias se encuentran, notoriamente, las enzimas relacionadas con la producción de metabolitos secundarios, entre los que destacan las N-metiltransferasas (NMTs) que están involucradas en la biosíntesis la cafeína.

Los autores descubrieron también que las NMTs relacionadas con la biosíntesis de la cafeína en la planta del café -las cuales pertenecen a la familia de genes ORTHOMCL170- son específicas al linaje de dicha planta, luego de compararlos contra los genes de la familia ORTHOMCL170 que se encuentran en el cacao y Camellia sinensis, es decir, otras plantas que también sintetizan cafeína.

Este descubrimiento sugiere que la síntesis de cafeína se ha originado al menos dos veces en el transcurso de la evolución. Los resultados de sus análisis de microsintenia y de las pruebas de selección positiva dan más fuerza a la tesis de que la biosíntesis de cafeína en planta de café evolucionó de manera convergente, es decir, independiente a otros linajes.

Según una encuesta de CareerBuilder y DunkinDonuts, los científicos son los profesionales que reportan con más frecuencia necesitar café en sus días de trabajo. Aunque podemos estar en desacuerdo con que los resultados de la estrategia de marketing de estas compañías, para el grupo de investigadores involucrados en la secuenciación del genoma de Coffea canephora, el café probablemente sí era lo de todos los días.

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