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Biohacking en México: talento y visión

 

  • En México existen varios grupos de biohackers; algunos se concentran democratizar la ciencia y tecnología, mientras que otros se enfocan en acelerar la innovación y promover el emprendimiento en biotecnología.
  • Los principales retos para los biohackers mexicanos son la falta de profesionalización de su adminstración–casi todos están formados por voluntarios recién egresados- y la falta de apoyo institucional –las universidades en México no tienen experiencia con este tipo de grupos, según el testimonio de los biohackers.
  • Dos grandes oportunidades para el desarrollo del sector biotecnológico en México son la gran biodiversidad del país y su capital humano altamente calificado. Los biohackers buscan construirse las oportunidades que no hay en el país para los profesionales de la biotecnología.

 El bricolaje y su consigna de hágalo usted mismo han motivado a aficionados por generaciones para mejorar su entorno. En cualquier quiosco pueden encontrarse revistas que describen paso a paso cómo armar tu propia alacena o cómo hacer para que las orquídeas no se nos sequen en el jardín. Pero hay cierto tipo de proyectos que escapan a las posibilidades de incluso el club de aficionados al bricolaje más tenaz. Son el tipo de proyectos donde se requieren especialistas con conocimientos profundos o que necesitan de gran infraestructura y que solamente caben en las carteras de las empresas o institutos de investigación: encontrar nuevos medicamentos, construir plantas generadoras eléctricas, armar autos en serie.

Los profesionales y aficionados están en polos opuestos de un enorme espectro, pero el bricolaje va acercándose más a lo que antes era dominio de los especialistas. Hace solo unas décadas, la programación y la electrónica se hacían casi exclusivamente en los laboratorios de los institutos; hoy abundan en YouTube los tutoriales para aprender a programar bots de internet con Python o para construir sensores con Arduino o Raspberry Pi. 

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Dr. Ernesto Ladrón de Guevara (izquierda) y compañero de Biohackademy

Hackeando la vida

Los biohackers –también conocidos como biólogos DIY, es decir, hágalo usted mismo por sus siglas en inglés- están convencidos de que es el turno de la biotecnología para entrar en las fronteras del bricolaje. Estos grupos se construyen sus propios aparatos de laboratorio a una fracción del costo de mercado –biorreactores, termocicladores, agitadores– y se involucran en proyectos de ciencia ciudadana. Pero no la tienen fácil: la biotecnología moderna es fundamentalmente diferente de la electrónica y la programación. El avance de la electrónica DIY acelerado por la explosión del mercado de consumibles electrónicos. Por ejemplo, con cincuenta dólares es suficiente para adquirir una tarjeta Arduino y empezar a construir un sensor de temperatura; si se quiere hacer una nueva app para teléfono y ponerla en línea, es posible tener prototipos en un mismo día. En cambio, en biotecnología, prototipar no es sencillo. Los laboratorios de las empresas y de los institutos invierten fuertemente para, por ejemplo, dar con una cepa de levaduras o bacterias que produzca un medicamento a gran escala.

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Taller de cerveza artesanal en Tepache Hacklab

A pesar de esta gran diferencia entre disciplinas, los biohackers han adoptado estrategias para hacer accesible el bricolaje biotecnológico, y una de las estrategias más productivas es sostener un espacio de trabajo con oficinas y laboratorios afiliados a una universidad o en colaboración con alguna compañía. Estos biohacker spaces tienen una infraestructura y una organización que no siempre son costeable por aficionados, pero que la universidad o compañía puede financiar con donativos y otros fondos. Además, organizan actividades educativas y se involucran en proyectos de ciencia ciudadana, transformándose en muestras de responsabilidad social.

Por ejemplo, el laboratorio público “L’éprouvette” de la Universidad de Lausana, Suiza, organiza con regularidad actividades educativas -como exhibiciones científicas y diferentes talleres, algunos dirigidos a niños y jóvenes, pero también otros dirigidos a profesionales de la educación-, y también proyectos especiales en coordinación con algunos de sus investigadores -como el proyecto de investigación genómica Napoleome. O también el La Paillasse en París, Francia, quienes tienen un proyecto de big data sobre la epidemiología del cáncer donde colaboran con Roche y reúnen biólogos, matemáticos, informáticos y expertos en estadística.

Los diferentes grupos de biohackers en el mundo se reúnen para fomentar la ciencia ciudadana, para educar, para formar prototipos de aparatos y productos, ¿pero es posible realizar proyectos de este tipo en México? Entrevistamos a cuatro grupos de biohackers de México para conocer un poco más las motivaciones detrás de sus actividades y también conocer de primera mano sus logros y retos. Aunque estos tres grupos no son todos los que hay en México, sus experiencias y orígenes son diversos, y también reflejan diferentes maneras de practicar la biología DIY. Se trata de Biohackademy, GeneGarage, Tepache Hacklab, y el grupo de biohackers de Yucatán.

 

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Presentación en Tepache Hacklab

Las actividades

Biohackademy se ha enfocado en la educación científica en la región de la Ciudad de México. El Dr. Jorge Marcos, co-fundador del grupo, nos comenta que regularmente organizan talleres acerca de biología molecular e impresión 3D. Tienen además la visión de fomentar la ciencia ciudadana y la democratización de la tecnología. Por su parte, el Dr. Ernesto Ladrón de Guevara, otro co-fundador del grupo, comenta que tiene la convicción de que la ciencia debe estar abierta para todos y de que esta apertura debe prevalecer sobre intereses comerciales. Como otros grupos, han intentado construir sus propios equipos de laboratorio, como agitadores para matraces, y se han aliado con makers como Hacedores así como algunos laboratorios de la UNAM. Sigue a Biohackademy en Facebook.

Video: agitador de matraces DIY con Biohackademy

En el occidente del país está el equipo GeneGarage fundado en 2014, quienes se han enfocado a organizar actividades para acercar a los biotecnólogos mexicanos al vibrante mundo de las startups tecnológicas. El grupo también trabaja para acercar a los inversionistas a jóvenes científicos y a hacer difusión de la biotecnología a través de talleres dirigidos a todo público. Hasta ahora GeneGarage es el único grupo que ha conseguido reunir la experiencia de los inversionistas y emprendedores con la visión de los jóvenes biotecnólogos. El grupo ha adoptado el modelo de biohacker space para establecer un puente entre la innovación y el emprendedurismo en biotecnología. Síguelos en Facebook y en Twitter @GeneGarage

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Asistentes de la competencia TecnoX 2017, cuyo comité local de organización contó con miembros de GeneGarage, Biohackademy y la UNAM

Tepache Hacklab es un laboratorio de hackers ubicado en Guanuajuato. Joel de la Barrera, uno de sus miembros, nos comenta que entre las actividades que han realizado se encuentran talleres de biotecnología tradicional –por ejemplo, un taller de cerveza artesanal-, además de actividades difusión como pláticas, material escrito y de vídeo. Joel tiene la convicción de que el biohacking tiene mucho que aportar a las economías en desarrollo, como la de nuestro país: “El biohacking es un medio para democratizar el acceso a la biotecnología y el desarrollo científico y tecnológico en países en desarrollo. A través de él buscamos herramientas accesibles, colaboración, desarrollo de proyectos y dar difusión al conocimiento científico y técnico fuera de la academia y la industria”; nos comenta. Sigue a Tepache Hacklab en Facebook.

Video: Joel de la Barrera de Tepache Hacklab en entrevista sobre Biohacking

Finalmente, el grupo de biohackers de Yucatán es un grupo en ciernes que tiene su origen en un proyecto que participó en el Certamen Nacional de Emprendedores y que reunió a ingenieros en biotecnología y mecatrónicos. El grupo ha construido biorreactores DIY controlados por Arduino. “Le pedimos a un tornero que nos fabricara el cilindro para el biorreactor”, nos comenta Raziel Cachón Herrera, fundador del grupo, y agrega: “al final nos costó aproximadamente diez mil pesos tener el prototipo ”. El ingeniero en biotecnología también nos comenta que esperan pronto organizar los detalles de la operación de sus biorreactores para compartirlos con el público y motivar a otros grupos para adoptarlos. 

Los retos

En un país en vías de desarrollo como México, la ciencia se enfrenta a múltiples retos: falta de inversión, un mercado poco desarrollado y una fuerte dependencia a la importación de tecnología, por mencionar algunos. Pero estos retos parecen ser un estímulo para los biohackers de México. Todos los entrevistados admitieron que la falta de infraestructura ha sido una motivación para convertirse en biohackers e intentar hacer sus propios aparatos de laboratorio.

La falta de inversión también es causa de que la innovación y los empleos en el sector biotecnológico sean escasos, pero este también es un reto que ha motivado las actividades de GeneGarage en particular. Ana Sofía Arreola comenta que la mayoría de los biotecnólogos mexicanos desconocen los mecanismos legales y financieros que existen en México para poder transferir sus desarrollos tecnológicos, y que el desconocimiento va también en sentido contrario: los inversionistas no conocen el potencial de la biotecnología y optan por inversiones en negocios tradicionales.

Ana Sofía también ha notado que los biotecnólogos emprendedores frecuentemente tienen proyectos que no tienen un pitch firme. “Los proyectos exitosos casi siempre parten de algo que ya ha estado funcionando y que plantean planes concretos a los inversionistas”, dice la joven ingeniera y menciona como ejemplo a un proyecto en el que se necesitaba solamente escalar la producción de un producto que ya había sido prototipado con éxito.

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Taller de expresión de proteínas con Biohackademy

Los biohackers de México se enfrentan además a la falta de profesionalización de su administración y la falta de apoyo institucional. Casi todos los biohackers mexicanos son voluntarios recién egresados que esperan contribuir al bien común del gremio biotecnológico del país. Pero claramente este no es un modelo hecho para durar. Las universidades y compañías podrían intervenir para generar proyectos y llenar los huecos en la organización y administración de los biohacker spaces, tal y como sucede en otros países; sin embargo, las universidades mexicanas todavía no tienen experiencia con este tipo de grupos de innovación, según algunos de los entrevistados.

Las oportunidades

Video: reunión de biohackers latinoamericanos

Un país megabiodiverso como México debería ser terreno fértil para la biotecnología, pues la biodiversidad es una ventaja competitiva para la búsqueda de nuevos productos naturales y fármacos. Pero la realidad es que en México escasean los empleos para profesionistas de ciencia y tecnología. Además, conforme la biodiversidad se ve reducida por la deforestación y el cambio climático, y conforme otros países megabiodiversos aceleran sus actividades biotecnológicas, la diversidad biológica podría dejar de ser una ventaja competitiva para nuestro país.

Los biohackers del país no pierden de vista esta gran oportunidad y trabajan con la aspiración de poder acceder a la diversidad biológica del país y usarla para beneficio de nuestras comunidades. “Hay una gran oportunidad en buscar metabolitos secundarios de plantas y hongos”, comenta Ernesto de Biohackademy, mientras que Ana Sofía de GeneGarage comenta que hay una gran oportunidad en el uso de materiales de desechos orgánicos, como los desechos de la industria camaronera que pueden ser transformados en biomateriales. Finalmente, la industria biotecnológica en México depende fuertemente de las importaciones de reactivos y equipo; los biohackers aspiran a poder fabricar materiales, como kits de extracción de ADN, y sus propios equipos de laboratorio, ¿y porqué no?, emprender con base en sus desarrollos.

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Taller de biotecnología organizado por Raziel Cachón y el grupo de biohackers de Yucatán

 

Falta trabajo, pero a México ya no parecen hacerle falta más profesionistas para liderar el avance del sector biotecnológico: en 2011, egresaron alrededor de 18,000 profesionales relacionados con la biotecnología en el país, sin contar a quienes trabajan ya en los institutos y empresas alrededor del mundo. Y lo que quizá también le hace falta es una infusión de fe y recursos por parte de nuestras instituciones y el sector privado hacia jóvenes de talento y visión como el Dr. Ladrón de Guevara, Dr. Jorge Marcos, Ana Sofía Arreola, Joel de la Barrera y Raziel Cachón. Estos biohackers son unamuestra del optimismo de los jóvenes científicos de México, quienes dedican sus energías para crearse las oportunidades que todavía no hay en el país.

Perfil emprendedor: Agro&Biotecnia

El desarrollo de FungiFree® es un ejemplo interesante de cómo las instituciones académicas y gubernamentales, junto con emprendedores y profesionales de diversas áreas, pueden hacer sinergia para llevar a una idea desde la mesa del laboratorio hasta el mercado. Esta fórmula puede y debe repetirse en otros laboratorios de las instituciones mexicanas para fortalecer a la economía nacional.

Este 2014 fueron anunciados los ganadores de los premios Innovadores de América en los que fueron reconocidos innovadores latinoamericanos por sus contribuciones en las áreas “del desarrollo social, empresarial, cultural y científico”.

Entre estos innovadores está el Dr. Enrique Galindo Fentanes, investigador de la UNAM y cofundador de la compañía Agro&Biotecnia, quien es reconocido ahora no solamente por su labor académica, sino también por su labor de empresario: él es el ganador de la categoría Empresa e Industria por el desarrollo de FungiFree®, un agente de control biológico para la antracnosis y otras enfermedades en diversos cultivos.

Del laboratorio a los campos de Sinaloa

La antracnosis es una enfermedad causada por el hongo Colletotrichum gloeosporioides. Este hongo prolifera en ambientes húmedos y cálidos, y afecta a frutos como el mango, el plátano, la papaya, el aguacate y los cítricos; se caracteriza por producir manchas oscuras que deterioran la calidad del producto y aceleran su descomposición. El hongo puede encontrar las condiciones ambientales adecuadas para crecer durante las temporadas muy húmedas en el campo o durante los procesos de post-cosecha, especialmente durante la transportación por vía marítima.

El Rodeo Fruit, una compañía basada en el estado de Sinaloa y que exporta a los Estados Unidos de América, Europa y Japón, ha tenido la experiencia de tener cargamentos rechazados en los puertos a los que exportan debido a la presencia de antracnosis luego de malas temporadas.

Los productos de inferior calidad difícilmente entran al mercado internacional y representan pérdidas considerables para los productores (hasta 50% de la producción de los huertos), además de que afectan la confianza de los clientes internacionales existentes. Ante esta situación, los productores tienen la opción de recurrir a pesticidas como algunas sales de cobre, Benomyl y otros fungicidas; sin embargo, debido al impacto ambiental y a la salud pública, así como al desarrollo de plagas resistentes, ocasionados por el uso extensivo de agroquímicos, varios países han establecido límites máximos de residualidad (maximum limits of residuality) de los agroquímicos presentes en los productos que son importados. El Dr. Galindo Fentanes y sus colaboradores (entre los que se encuentra representada la compañía El Rodeo Fruit) comentan al respecto de los límites máximos de residualidad en una publicación del Electronic Journal of Biotechnology, “si esos límites son sobrepasados, los cargamentos pueden ser rechazados e incinerados”.

Una alternativa para disminuir el uso de agentes químicos en agricultura son los agentes de control biológico (ACBs). A finales de los noventas, el Dr. Enrique Galindo Fentanes y el Dr. Leobardo Serrano Carreón junto con un grupo de investigadores de la UNAM y, a partir del 2000, del CIAD (Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo, A.C.) trabajaban en el desarrollo de un nuevo ACB para combatir la antracnosis del mango.

En breve, los investigadores aislaron diferentes bacterias y levaduras que habitan normalmente en las hojas del mango; obtuvieron alrededor de 200 aislados diferentes. Luego, pusieron a competir a cada uno de estos aislados contra el hongo causante de la antracnosis del mango: aquellos aislados que inhibieron el crecimiento del hongo en mayor grado fueron seleccionados como candidatos para ser agentes de control biológico. Entre estos aislados se encontraba un bacilo que, luego de caracterizarlo, resultó ser Bacillus subtilis 83. Pero el trabajo apenas comenzaba y, con el apoyo económico del CONACyT, SAGARPA y de la UNAM, siguieron algunos años de pruebas escalamiento y de campo y de modificaciones a la formulación, la cual pasó de ser líquida a ser sólida.

Fue en Diciembre del 2005 cuando la revista mensual Claridades Agropecuarias publicó un artículo escrito por el Dr. Galindo y sus colaboradores; esta revista está dirigida a profesionales de los agronegocios y esto les permitió a los investigadores hacer contacto con la compañía El Rodeo Fruit e iniciar pruebas a una escala todavía mayor en Sinaloa, los cuales tuvieron resultados muy prometedores entre los productores, quienes vieron cómo sus mangos crecían “chapeados” cuando utilizaban el desarrollo del grupo de los doctores Galindo Fentanes y Serrano Carreón.

Del laboratorio a los negocios: la compañía Agro&Biotecnia

 “[nos enfrentamos a] una disyuntiva, porque sabíamos que teníamos un buen producto pero al no tener éxito para colocarlo, las opciones eran seguir tratando de transferir la tecnología a una empresa que apareciera en el futuro, archivar el conocimiento en un cajón o formar una empresa, entonces decidimos irnos por esta última vía”.

-Dr. Enrique Galindo Fentanes

Sin embargo, para que el producto desarrollado por los investigadores entrara a competir en el mercado se necesitaba pericia en un área que, aunque no es totalmente extraña, sí es diferente a lo que un científico hace en su labor cotidiana: los negocios.

El primer reto fueron las cuestiones de propiedad intelectual (IP) y el licenciamiento de la tecnología, o en pocas palabras, ¿quién se dedicaría a aplicar la tecnología y bajo qué términos se manejarían las ganancias?

Los investigadores decidieron asesorarse con la oficina de transferencia de tecnología del Instituto de Biotecnología del  UNAM y, luego de aplicar para una patente bajo el PCT en 2006, comenzaron a promocionar el licenciamiento de la tecnología entre las empresas nacionales sin mucho éxito. La opción que quedaba para los investigadores -si querían llevar al mercado su producto- era fundar una empresa. El Dr. Galindo Fentanes expresó para una nota de la Coordinación de Comunicación y Divulgación de la Academia Mexicana de Ciencias:  “[nos enfrentamos a] una disyuntiva, porque sabíamos que teníamos un buen producto pero al no tener éxito para colocarlo, las opciones eran seguir tratando de transferir la tecnología a una empresa que apareciera en el futuro, archivar el conocimiento en un cajón o formar una empresa, entonces decidimos irnos por esta última vía”.

Agro&Biotecnia S de RL MI fue fundada en el 2008 y obtuvo el licenciamiento de la patente luego de tres años de negociaciones con la UNAM, con la que se acordó la manera de distribuir las ganancias por el desarrollo de sus investigadores. La compañía terminó su período de incubación en el Centro Morelense de Innovación y Transferencia Tecnológica (CeMITT) en el 2010 y en el 2011 consiguió el registro de FungiFree AB® ante SAGARPA y COFEPRIS. Posteriormente, la compañía inició una alianza estratégica con FMC Agroquímica de México, que es una compañía con amplia experiencia en la comercialización de agroquímicos en México.

FMC ha integrado a FungiFree AB® dentro de su línea para productos orgánicos Grow Organic y el producto fue lanzado oficialmente en la Expo Agroalimentaria 2012 en Irapuato, Guanajuato, luego de doce años de investigación y desarrollo.

Perspectivas

El desarrollo de FungiFree® es un ejemplo interesante de cómo las instituciones académicas y gubernamentales, junto con emprendedores y profesionales de diversas áreas, pueden hacer sinergia para llevar a una idea desde la mesa del laboratorio hasta el mercado. Esta fórmula puede y debe repetirse en otros laboratorios de las instituciones mexicanas para fortalecer a la economía nacional con nuevos productos, nuevos nichos y oportunidades de mercado, trabajos para profesionales de diferentes disciplinas, y generación de capital humano altamente especializado.

Actualmente FungiFree® es aplicado para controlar la antracnosis de mango, papaya, aguacate y cítricos y también ha sido aplicado para el control de la cenicilla polvorienta, extendiendo su aplicación a quince cultivos; además, el producto ha sido reconocido como uno de los avances más importantes de la biotecnología del 2012 por el Instituto Interamericano de Cooperación para la Agricultura. Mientras tanto, la compañía Agro&Biotecnia se mantiene activa y continúa desarrollando nuevos productos para tratar otras enfermedades de las plantas.

“Codificando la lógica genómica para el desarrollo embrionario” – Eric Davidson

IMG_9521Monterrey, N.L. – Eric Davidson del California Institute of Technology fue el encargado de dar inicio a las ponencias de Genobiotec13. La conferencia titulada“Encoded genomic logic for embryonic development” abordó la construcción de una red de regulación génica, usando embriones de erizos de mar como sistema experimental .

El ponente comenzó la conferencia hablando sobre la diversidad de características morfológicas de las especies,  asegurando que  los mecanismos de control genéticos en espacio y tiempo son los encargados de modelar la expresión de los genes, regulando por lo tanto la morfología celular.

La investigación de Davidson se basa en el estudio y modelación de redes de regulación génica, a fin de desarrollar herramientas computacionales que predigan la expresión del estado regulatorio, obteniendo resultados reproducibles.  El profesor analiza la problemática a través del uso de un modelo de lógica booleana y del desarrollo de perturbaciones in silico.

Los modelos booleanos que el investigador propone se basan en la expresión espacial, en donde se regula el encendido y apagado de los genes; además de la expresión temporal, que combina el modelo de expresión de genes y las transiciones regulatorias de estado.  Obteniendo una herramienta capaz de calcular alteraciones dinámicas en un circuito genético.

La estructura final del modelo es un tablero de expresiones genéticas computarizadas a través del tiempo, que pueden ser directamente comparadas con la expresión observada. Siendo los resultados arrojados por el modelo, comparados con datos experimentales de expresión genética en células de embriones de erizos de mar, para obtener  un acercamiento a la exactitud del programa.

Al final de la ponencia el conferenciante concluyó, que la investigación de redes de regulación génica brinda la posibilidad de acercarnos al funcionamiento de la evolución. Además mencionó que estos procesos evolutivos pueden ser computacionalmente predecibles y modelados de forma muy acertada in silico.

Eric Davidson es  miembro del National Academy of Sciences desde 1985; ha trabajado en Rockefeller university, así como en el Marine Biological Laboratory. Entre sus artículos publicados destacan “Genomic Regulatory Systems: Development and Evolution” y “The Regulatory Genome: Gene Regulatory Networks In Development And Evolution”.

Ligas de interés:

Synthetic in vivo validation of gene network circuitry

Caltech Eric Davidson Lab

“Diseño de nuevas terapias contra enfermedades infecciosas con nanobiotecnología y biología sintética”- J. Rubén Morones-Ramírez

Monterrey, N.L.- La tercer conferencia de GENOBITEC13 estuvo a cargo del doctor José Rubén Morones Ramírez, Académico de la Universidad Autónoma de Nuevo León, en la que se habló sobre el uso de la plata en la potencialización de antibióticos.

La plata es conocida por exhibir alta toxicidad en un gran rango de micro-organismos, siendo utilizada por muchos años como un bactericida. En el trabajo realizado por Morones se explora el potencial de la plata en forma de nanoparticulas, sintetizadas por medio de química hecha en fase líquida, como un agente antimicrobial.

El doctor explica que al agregar plata a algunas bacterias, se observó una fuerte interacción con la membrana. Por lo que incrementar la concentración de plata es una excelente forma de aumentar la permeabilidad de la membrana y por lo tanto permitir el acceso a algunos antibióticos que no pueden entrar a la célula.

Existen otros mecanismos en el que las partículas de plata pueden ser útiles, un ejemplo es el combate del ataque de bacteriófagos; el doctor mostró que por medio de la interacción con las proteínas de membrana las partículas evitan la entrada del fago a la célula huésped.

Otro uso mencionado en la conferencia fue la reducción de infecciones causadas por biofilms, por lo que actualmente se explora la creación de un sistema de liberación de nanopartículas antimicrobianas in vivo.

En la ponencia también mencionó  que  exponer partículas de plata a la luz  produce un incremento de temperatura al interior de la célula, lo cual puede ser útil para activar o desactivar segmentos regulatorios de ADN; en la investigación se probó el mecanismo utilizando riboswitches sensibles a temperatura.

Morones Ramírez es profesor de tiempo completo de la Facultad de Ciencias Químicas de la UANL, egresado de Ingeniería Química de la Universidad Autónoma de Nuevo León, con maestría y doctorado por la Universidad de Texas en Austin, postdoctorado en la Universidad de Harvard, miembro del Sistema Nacional de Investigadores SNI-CONACYT. (Loredo, 2013)

Conoce más de la investigación del Dr. J. Rubén Morones- Ramírez en:

http://www.rubenmorones.com/

Fuente:

Loredo, E. (2013).  Plata aumenta eficacia de antibióticos. Universidad Autónoma de Nuevo León.  Recuperado de http://www.uanl.mx/noticias/ciencia-y-tecnologia/plata-aumenta-eficacia-de-antibioticos%E2%80%8F.html

Felicidades BIDESIDA

Felicidades a nuestros amigos de BIDESIDA por haber ganado en @RED Emprendedores.


¡Enhorabuena!


The Synthetic Biology Tunnel

A design by Janett Villarreal
for the Synthetic Biology Tunnel

San Nicolás de los Garza, N.L. – Among the activities of the celebration of the LX anniversary of the UANL Biological Sciencies School, regular students and iGEM team members from that school and from the CIDEB High School, participated in an expo that promotes Biotechnology and Synthetic Biology: the Synthetic Biology Tunnel. 

With a couple of weeks of anticipation, Daniel Rodríguez and Heber Torres organized a group of enthusiastic students; the graphic design was in charge of Janett Villarreal and the structure design was done by Denisse Rodríguez; in the construction of the expo, different team members were involved.

Ten modules of graphic and interactive material were constructed, covering fundamental topics to understand Synthetic Biology. 

Finally, with a team of about eighty people in staff, the first edition of the Synthetic Biology Tunnel was inagurated on September 19th, 2012.
“The main goal is that, through interactive activities, people with different backgrounds and education can understand the basics of Synthetic Biology and of Biotechnology in general”, told us Heber Torres.

At the end of the Tunnel, visitors left with a better idea about what DNA, genes and protein are, about what the genetic code is, how does Genetic Engineering work and what can be done with it, but also what biological standard parts and Synthetic Biology are, as well as the ethic principles that guide Biotechnological activities

Some staff members

At the end of the third day of expositions, the 21st of September, at least 2,000 visitors were registered, coming from elementary, secondary and high schools and from local universities.

With support from the Secretary of Public Education, the Tunnel was presented in the context of the National Week of Science and Technology in a local park before an audience of approximatey 5,000 assitants to the event. 

The Tunnel has been also presented in Montemorelos, Nuevo León and Cuatro Ciénegas, Coahuila. In the near future, the Tunnel is expected to visit other schools in Nuevo León and other states in Mexico.


One thing that Heber Torres remarks is that, for the Tunnel to travel to one location, the main limitation is finding transport; but he adds that if this can be solved, then there should be no problem to find a date to move the expo to that particular place.

“Undoubtedly, thanks to the staff, because without them it wouldn’t have been possible”, said Torres and continues, “and other projects are yet to come! There’s the Biotechology Roundabout and, of course, the congress GENOBIOTEC 2013, both activities organized by the AsEBioGen“.
The AsEBioGen (Genomic Biotechnology Student Association) is organizing these activities to get the new generations closer to Biotechnology and to be a point of contact among students and researchers from the main institutes in Mexico; furthermore, business finds also a place in the bioferia at the congress GENOBIOTEC, where suppliers and Biotech companies have an extraordinary opportunity reach the Mexican Biological Sciences and Biotechnology community.



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We’ll be back soon!

Due to the massive stress load we are now experiencing with final projects and exams, we haven’t updated Bio! in more than two weeks. 

But stay tuned! As soon as this semester is over (hopefully, by this weekend), we’ll be back with more interesting stuff for you, our dear SynBio and Biotech enthusiasts…

And of course, the update of the iGEM database is on the way!!

Cheers!

Bio! Collaborations

Bio! Collaborations

Check out our guest post at Lab Rat: The mainstream fronts of synthetic biology”.


Thanks to S. Gould for the invitation!

Regards,
iGEM Team UANL

Bio! iGEM History Database 2.0 Beta


The second release of the Bio! iGEM History Database 
is on its beta version!
 
You can access it by clicking here
or directly on the link in Bio!’s main bar.




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Encendiendo luces y genes I

por Bio! México


Encendiendo luces y genes I
Antecedentes sobre la inducción por luz.

Para la inducción de la expresión de proteínas recombinantes, comúnmente se utilizan inductores químicos, variaciones de la osmolaridad o de temperatura. Estos estímulos, sin embargo, tienen la desventaja de ser invasivos y de poder despertar otras respuestas en la célula, además de que en el caso de los inductores químicos, el costo de los reactivos no puede descartarse cuando se trata de producción a nivel industrial.

¿Dónde podría encontrarse un estímulo que sea a la vez específico, no invasivo y de bajo costo? La respuesta que en el 2002 encontraron Shimizu-Sato y sus colegas es elegante y muy interesante: la luz.

Ellos utilizaron fitocromos de la planta Arabidopsis thaliana y los adaptaron a un experimento de doble híbrido en levaduras, de tal manera que en presencia de luz roja se indujo la expresión de LacZ cuantificada en unidades Miller; mientras que en presencia de luz roja lejana, la expresión de LacZ fue reprimida. La principal desventaja subyacía, sin embargo, en que al medio de cultivo debía todavía agregarse una sustancia necesaria para la recepción de la luz: la molécula cromófora.

Unos años después, a finales del 2005, miembros del equipo del Dr. Voigt publicaron un brief communication que dejaría huella en el desarrollo de la Biología Sintética: Engineering Escherichia coli to see light.

Tomado de Levskaya, et al., (2005)
Los investigadores comentan cómo lograron hacer una quimera entre el osmoregulador EnvZ de E. coliy el fitocromo Cph1 de Synechocystis, y cómo con este fotorreceptor quimérico pudieron acoplar la respuesta transcripcional del reportero LacZ con la exposición a la luz de sus placas de cultivo, de tal manera que a mayor exposición lumínica, había una menor respuesta de LacZ. Finalmente, debido a que la expresión de LacZ puede monitorearse por la presencia de un precipitado de color negro, en pocas palabras, ¡habían conseguido hacer que las placas de cultivo se transformaran en fotografías a blanco y negro! Además, habían logrado hacer que las mismas bacterias sintetizaran sus propias moléculas cromóforas, descartando la necesidad de tener que añadirlas al medio. El desarrollo de estas técnicas de “biofotografía” han encontrado seguidores en algunos gruops, como los integrantes de BioBuilder del grupo SynBERC, con bellos resultados que hacen resaltar las posibilidades de la Biología Sintética.

Tomado de Airan, et al., (2009)
En el 2008 y 2009 fueron publicados otros sistemas más regulados por la luz, entre los que destacan: la fusión de dominios LOV con la enzima dihidrofolato reductasa de E. coli, para el control lumínico de su actividad enzimática; la regulación del splicing de proteínas a través de luz, utilizando nuevamente fitocromos de A. thaliana; la regulación de la actividad neuronal por medio de estímulos lumínicos tanto en células en cultivo como en ratones (este campo de la investigación en neurología es conocido como optogenética y ya había reportado algunos resultados anteriormente, desarrollándose más o menos a la par que la regulación por luz de circuitos sintéticos); la fusión de dominios LOV para la regulación de la actividad de histidín-cinasasy sus cascadas de fosforilación y regulación genética in vivo; y finalmente regulación por luz del movimiento celular en células de mamífero en cultivo.

Sin embargo, el trabajo reportado en el artículo A Synthetic Genetic Edge Detection Program del Dr. Tabor y sus colaboradores destaca por utilizar dos circuitos sintéticos adicionales: la comunicación por Quorum Sensing y el concepto de invertidores de señal. De esta manera, lograron acoplar la respuesta a la luz con la expresión del reportero LacZ para la detección de bordes en imágenes, de tal manera que en la placa de cultivo se tuvo ahora una reproducción de los bordes que componen una imagen.

Tomado de Tabor, et al., (2011)
Finalmente, en el 2011, nuevamente el Dr. J. J. Tabor, junto con el Dr. A. Levskaya y el Dr. C. A. Voigt, reportaron un avance impresionante para la regulación por luz, pues ahora no solamente se trataba de un solo tipo de luz, si no de la posibilidad de tener respuestas separadas utilizando dos longitudes de onda determinadas. En Multichromatic Control of Gene Expression in Escherichia coli se describe cómo utilizando al sistema del fotorreceptor quimérico EnvZ-Cph1 (detección de luz roja) y el sistema sensor de luz de dos componentes CcaS-CcaR procedente de cianobacterias (detección de luz verde), los investigadores pudieron acoplar dentro de una misma célula la respuesta hacia dos estímulos lumínicos diferentes.

Los avances en la regulación por luz son muy prometedores; sin embargo, todavía existen algunos retos para la aplicación de la respuesta sintética hacia la luz, entre los que se encuentra la transmisión de la señal en un medio líquido.

No obstante, la investigación sigue y además, con el impulso creativo de los equipos de iGEM, seguramente no estamos lejos de poder regular la expresión genética en un fermentador utilizando solamente luz.

Aquí algunas referencias interesantes sobre el tema: